Hi,<br><br>I dug into Johannes' issue, and I can confirm that there is something strange here.<br>I used deal.II 7.2.0 and svn version (not the latest though) and gmsh 2.7.0 on Ubuntu 12.04.<br><br>For both versions (built in debug mode) the error was in function<br>    void dealii::internal::GridReordering2d::GridReordering::get_quads(std::vector<dealii::CellData<2> >&) const<br>The violated condition was: <br>    s[1] == s[3]<br>The name and call sequence of the exception was:<br>    ExcInternalError()<br>Additional Information: <br>(none)<br><br>Stacktrace:<br>-----------<br>#0  /home/artemiev/deal.II.dev.orig.new/lib/libdeal_II.g.so.8.0.pre: dealii::internal::GridReordering2d::GridReordering::get_quads(std::vector<dealii::CellData<2>, std::allocator<dealii::CellData<2> > >&) const<br>#1  /home/artemiev/deal.II.dev.orig.new/lib/libdeal_II.g.so.8.0.pre: dealii::internal::GridReordering2d::GridReordering::reorient(std::vector<dealii::CellData<2>, std::allocator<dealii::CellData<2> > >&)<br>#2  /home/artemiev/deal.II.dev.orig.new/lib/libdeal_II.g.so.8.0.pre: dealii::GridReordering<2, 2>::reorder_cells(std::vector<dealii::CellData<2>, std::allocator<dealii::CellData<2> > >&)<br>#3  /home/artemiev/deal.II.dev.orig.new/lib/libdeal_II.g.so.8.0.pre: dealii::GridIn<2, 2>::read_msh(std::istream&)<br>#4  ./proj: GridChecker::check_grid(std::string)<br>#5  ./proj: main<br>--------------------------------------------------------<br><br>@Johannes,<br>I got the same exception as you:<br>   The violated condition was: 

<br>      needed_lines.find(std::make_pair(line_vertices.second,

<br><div>      line_vertices.first)) == needed_lines.end()

</div>for 7.2.0 version built in release mode - did you also launch your program linking to the release version of deal.II ?<br><br>What is more interesting - for the case described in code:<br> 3---4---5

<br> |    |    |

<br> 0---1---2

<br>both versions works fine.<br>I checked it for the following .msh file:<br><br>$MeshFormat<br>2.0 0 8<br>$EndMeshFormat<br>$Nodes<br>6<br>1 0 0 0<br>2 1 0 0<br>3 2 0 0<br>4 0 1 0<br>5 1 1 0<br>6 2 1 0<br>$EndNodes<br>$Elements<br>2<br>1 3 2 0 1 1 2 5 4<br>2 3 2 0 2 5 2 3 6<br>$EndElements<br><br>Mikhail<br><br>On Wednesday, May 29, 2013 7:08:49 PM UTC+7, Johannes Reinhardt wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;">Hello everyone,

<br>

<br>I encounter problems when trying to load 2D quad meshes generated by

<br>gmsh into a deal.ii based code. I could roughly find out, what the

<br>causes of the problems are, but I don't know whether it is a problem

<br>with gmsh, my use of it, or a problem in deal.ii code. Therefore I have

<br>sent this mail to the mailing lists of both gmsh and deal.ii. The rest

of this rather lengthy mail explains my findings in detail.

<br>

<br>I need to calculate a certain quantity as a function of a change in the

<br>geometry. For this reason I want to generate a large number of meshes

<br>using gmsh, so I defined some functions in a common file, and then use

<br>a python script to generate many short .geo files that just include the

common file and call the function with different parameters.

<br>

<br>The meshes are 2D quad meshes, because my calculation, that is based on 

<br>deal.ii, which can only deal with quad meshes. The meshes are

<br>relatively detailed already, because I do not use adaptive refinement

<br>and need a good approximation of the curved boundaries of the various

surfaces.

<br>

<br>However when I try to load the resulting .msh files in my calculation

<br>(which uses deal.ii), some of the meshes fail to load. Of the

<br>294 meshes I generated, 39 fail.

<br>

<br>Of these 31 fail with the error message:

<br>

<br>The violated condition was: 

<br>n_negative_cells==0 || n_negative_cells==cells.size()

<br>

<br>and 8 fail with the error message:

<br>

<br>The violated condition was: 

<br>    needed_lines.find(std::make_<wbr>pair(line_vertices.second,

<br>    line_vertices.first)) == needed_lines.end()

<br>

<br>The first error seems to be connected to by a cell orientation

<br>issue that leads to a invalid cell:

<br><a href="http://www.dealii.org/7.3.0/doxygen/deal.II/classGridReordering.html#ae3a479aa86fabf1f761ab05eb1e42838" target="_blank">http://www.dealii.org/7.3.0/<wbr>doxygen/deal.II/<wbr>classGridReordering.html#<wbr>ae3a479aa86fabf1f761ab05eb1e42<wbr>838</a>

<br>

<br>The second seems to be due to a vertex ordering problem, I quote from

<br>deal.II/source/grid/tria.cc around line 1640, where the error is thrown:

<br>

<br>// assert that the line was

<br>// not already inserted in

<br>// reverse order. This

<br>// happens in spite of the

<br>// vertex rotation above,

<br>// if the sense of the cell

<br>// was incorrect.

<br>//

<br>// Here is what usually

<br>// happened when this

<br>// exception is thrown:

<br>// consider these two cells

<br>// and the vertices

<br>//  3---4---5

<br>//  |   |   |

<br>//  0---1---2

<br>// If in the input vector

<br>// the two cells are given

<br>// with vertices <0 1 4 3>

<br>// and <4 1 2 5>, in the

<br>// first cell the middle

<br>// line would have

<br>// direction 1->4, while in

<br>// the second it would be

<br>// 4->1.  This will cause

<br>// the exception.

<br>

<br>The first error seems to be rather common, when looking it up, I found

<br>a tool to postprocess .msh files to resolve it:

<br><a href="https://code.google.com/p/tethex/" target="_blank">https://code.google.com/p/<wbr>tethex/</a>

<br>

<br>When using this tool with my meshes, the first error is indeed avoided,

<br>and of my 294 meshes, but now 9 meshes fail with the second error, so

for one file the first error masked the second one.

<br>

<br>I use deal.ii 7.3 and the Linux 64 bit release of gmsh 2.7.1 on Xubuntu

<br>13.04 64bit.

<br>

<br>I have attached some files from my investigations:

<br>

<br>common_params.geo contains functions that are used to build the

geometry and common parameters.

<br>generate_geo.py is used to generate individual .geos that include

<br>common_params

<br>make_meshes.sh is a shell script that sets up directories, runs the

<br>python scripts, runs gmsh and runs tethex

<br>mass_grid.cc is a small snippet that uses the deal.ii grid classes to

<br>load meshes and logs what is going wrong

<br>failure.log is a log about which .msh files can not be loaded with and

without using tethex and why.

<br>

<br>I uploaded a selection of the msh files that should cover all the cases

<br>here (~3MB):

<br>

<br><a href="http://ist-dein-freund.de/geometries.tar.gz" target="_blank">http://ist-dein-freund.de/<wbr>geometries.tar.gz</a>

<br>

<br>Thank you for your efforts in advance

<br>

<br>Johannes

<br></blockquote>