Hi Dave,<br><br>Thank you very much for helping me. It works well now :D.<br> - Ranjith<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jun 2, 2009 at 2:41 PM, David Colignon <span dir="ltr"><<a href="mailto:David.Colignon@ulg.ac.be">David.Colignon@ulg.ac.be</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>
configure is not able to compile a test program with the blas library :<br>
<br>
<br>
<br>
configure:5544: checking for dgemm_ in -lblas<br>
<br>
configure:5579: g++ -o conftest -g -O2   -L/usr/lib/ -L/usr/lib//lib conftest.cpp -lblas -lgfortran -lm  >&5<br>
<br>
/usr/bin/ld: cannot find -lgfortran<br>
<br>
collect2: ld returned 1 exit status<br>
<br>
configure:5585: $? = 1<br>
configure: failed program was:<br>
| /* confdefs.h.  */<br>
| #define PACKAGE_NAME ""<br>
| #define PACKAGE_TARNAME ""<br>
| #define PACKAGE_VERSION ""<br>
| #define PACKAGE_STRING ""<br>
| #define PACKAGE_BUGREPORT ""<br>
| #define HAVE_FLTK 1<br>
| #define HAVE_TREE_BROWSER 1<br>
| #define HAVE_LIBJPEG 1<br>
| #define HAVE_LIBPNG 1<br>
| #define HAVE_LIBM 1<br>
| #define HAVE_ANN 1<br>
| #define HAVE_GMM 1<br>
| #define HAVE_CHACO 1<br>
| #define HAVE_METIS 1<br>
| #define HAVE_NETGEN 1<br>
| #define HAVE_MATH_EVAL 1<br>
| #define HAVE_LIBZ 1<br>
| /* end confdefs.h.  */<br>
|<br>
| /* Override any GCC internal prototype to avoid an error.<br>
|    Use char because int might match the return type of a GCC<br>
|    builtin and then its argument prototype would still apply.  */<br>
| #ifdef __cplusplus<br>
| extern "C"<br>
| #endif<br>
| char dgemm_ ();<br>
| int<br>
| main ()<br>
| {<br>
| return dgemm_ ();<br>
|   ;<br>
|   return 0;<br>
| }<br>
configure:5603: result: no<br>
<br>
<br>
<br>
the problem may perhaps comes from the ordrering of the directories in your $PATH. Configure detects GCC in /home/velan/OpenFOAM/ThirdParty/gcc-4.3.1/platforms/linux/bin/gcc , which is GCC version 4.3.1 , but detects gfortran in   /usr/bin/gfortran , which is version  4.3.2<br>

<br>
can you try to configure Gmsh with :<br>
<br>
./configure --prefix=/home/soft/gmsh-2.3.1 --with-blas-lapack-prefix=/usr/lib/ CC=/usr/bin/gcc CXX=/usr/bin/g++ FC=/usr/bin/gfortran<div class="im"><br>
<br>
Cheers,<br>
<br>
Dave<br>
<br>
<br>
-- <br>
David Colignon, Ph.D.<br>
Collaborateur Logistique du F.R.S.-FNRS<br>
CÉCI - Consortium des Équipements de Calcul Intensif<br>
ACE - Applied & Computational Electromagnetics<br>
Sart-Tilman B28<br>
Université de Liège<br>
4000 Liège - BELGIQUE<br>
Tél: +32 (0)4 366 37 32<br>
Fax: +32 (0)4 366 29 10<br>
WWW:    <a href="http://hpc.montefiore.ulg.ac.be/" target="_blank">http://hpc.montefiore.ulg.ac.be/</a><br>
Agenda: <a href="http://www.google.com/calendar/embed?src=david.colignon%40gmail.com" target="_blank">http://www.google.com/calendar/embed?src=david.colignon%40gmail.com</a><br>
<br>
<br>
<br>
Vadivelan C wrote:<br>
</div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="im">
I have attached the config.log file.<br>
<br>
 - Ranjith<br>
<br></div><div><div></div><div class="h5">
On Tue, Jun 2, 2009 at 1:44 PM, David Colignon <<a href="mailto:David.Colignon@ulg.ac.be" target="_blank">David.Colignon@ulg.ac.be</a> <mailto:<a href="mailto:David.Colignon@ulg.ac.be" target="_blank">David.Colignon@ulg.ac.be</a>>> wrote:<br>

<br>
    Can you send us your  config.log  file ?<br>
<br>
<br>
    Dave<br>
<br>
    --     David Colignon, Ph.D.<br>
    Collaborateur Logistique du F.R.S.-FNRS<br>
    CÉCI - Consortium des Équipements de Calcul Intensif<br>
    ACE - Applied & Computational Electromagnetics<br>
    Sart-Tilman B28<br>
    Université de Liège<br>
    4000 Liège - BELGIQUE<br>
    Tél: +32 (0)4 366 37 32<br>
    Fax: +32 (0)4 366 29 10<br>
    WWW:    <a href="http://hpc.montefiore.ulg.ac.be/" target="_blank">http://hpc.montefiore.ulg.ac.be/</a><br>
    Agenda:<br>
    <a href="http://www.google.com/calendar/embed?src=david.colignon%40gmail.com" target="_blank">http://www.google.com/calendar/embed?src=david.colignon%40gmail.com</a><br>
<br>
<br>
<br>
    Vadivelan C wrote:<br>
<br>
        Hi Dave,<br>
<br>
        Thanks for your quick reply. BTW, i have installed lapack, blas<br>
        libraries using yum. I have checked<br>
<br>
        [velan@scram ~]$ ls /usr/lib/{*lapack*,*blas.*}<br>
        -rw-r--r-- 1 root root 5.6M 2008-07-08 22:58 /usr/lib/liblapack.a<br>
        -rw-r--r-- 1 root root 483K 2008-07-08 22:58 /usr/lib/libblas.a<br>
        -rwxr-xr-x 1 root root 4.0M 2008-07-08 22:58<br>
        /usr/lib/liblapack.so.3.1.1<br>
        -rw-r--r-- 1 root root 6.1M 2008-07-08 22:58<br>
        /usr/lib/liblapack_pic.a<br>
        -rwxr-xr-x 1 root root 354K 2008-07-08 22:58<br>
        /usr/lib/libblas.so.3.1.1<br>
        -rwxr-xr-x 1 root root 221K 2008-09-16 13:25<br>
        /usr/lib/libgslcblas.so.0.0.0<br>
        lrwxrwxrwx 1 root root   20 2009-05-31 19:51<br>
        /usr/lib/libgslcblas.so.0 -> libgslcblas.so.0.0.0<br>
        lrwxrwxrwx 1 root root   16 2009-06-02 11:21<br>
        /usr/lib/libblas.so.3.1 -> libblas.so.3.1.1<br>
        lrwxrwxrwx 1 root root   16 2009-06-02 11:21<br>
        /usr/lib/libblas.so.3 -> libblas.so.3.1.1<br>
        lrwxrwxrwx 1 root root   18 2009-06-02 11:21<br>
        /usr/lib/liblapack.so.3.1 -> liblapack.so.3.1.1<br>
        lrwxrwxrwx 1 root root   18 2009-06-02 11:21<br>
        /usr/lib/liblapack.so.3 -> liblapack.so.3.1.1<br>
        lrwxrwxrwx 1 root root   18 2009-06-02 11:21<br>
        /usr/lib/liblapack.so -> liblapack.so.3.1.1<br>
        lrwxrwxrwx 1 root root   16 2009-06-02 11:21 /usr/lib/libblas.so<br>
        -> libblas.so.3.1.1<br>
<br>
        Which shows, lapack library was installed. During gmsh<br>
        installation i have done following steps<br>
<br>
        ./configure --prefix=/home/soft/gmsh-2.3.1<br>
        --with-blas-lapack-prefix=/usr/lib/<br>
<br>
        But still i am getting those errors. Can you tell me how to find<br>
        whether lapack/blas libraries was configured during gmsh<br>
        installation. I couldnt find anything on config.status files.<br>
<br>
        Thanks<br>
         - Ranjith<br>
<br>
        On Tue, Jun 2, 2009 at 12:56 PM, David Colignon<br>
        <<a href="mailto:David.Colignon@ulg.ac.be" target="_blank">David.Colignon@ulg.ac.be</a> <mailto:<a href="mailto:David.Colignon@ulg.ac.be" target="_blank">David.Colignon@ulg.ac.be</a>><br>
        <mailto:<a href="mailto:David.Colignon@ulg.ac.be" target="_blank">David.Colignon@ulg.ac.be</a><br>
        <mailto:<a href="mailto:David.Colignon@ulg.ac.be" target="_blank">David.Colignon@ulg.ac.be</a>>>> wrote:<br>
<br>
           Hi,<br>
<br>
           it just means that you have to install the lapack library or that<br>
           the library was not found at the ./configure step when you<br>
        compiled<br>
           gmsh.<br>
<br>
           Cheers,<br>
<br>
           Dave<br>
<br>
           --    David Colignon, Ph.D.<br>
           Collaborateur Logistique du F.R.S.-FNRS<br>
           CÉCI - Consortium des Équipements de Calcul Intensif<br>
           ACE - Applied & Computational Electromagnetics<br>
           Sart-Tilman B28<br>
           Université de Liège<br>
           4000 Liège - BELGIQUE<br>
           Tél: +32 (0)4 366 37 32<br>
           Fax: +32 (0)4 366 29 10<br>
           WWW:    <a href="http://hpc.montefiore.ulg.ac.be/" target="_blank">http://hpc.montefiore.ulg.ac.be/</a><br>
           Agenda:<br>
                  <a href="http://www.google.com/calendar/embed?src=david.colignon%40gmail.com" target="_blank">http://www.google.com/calendar/embed?src=david.colignon%40gmail.com</a><br>
<br>
<br>
<br>
           Vadivelan C wrote:<br>
<br>
               Hi<br>
<br>
               I'm newbie to gmsh package. I installed gmsh without any<br>
               problem. I tried to work on tutorials. I got the error<br>
        message<br>
               when i load tutorial/t5.geo<br>
<br>
<br>
               Info    :<br>
        -------------------------------------------------------<br>
               Info    : Gmsh version   : 2.3.1<br>
               Info    : Build OS       : Linux<br>
               Info    : Build options  : Fltk TreeBrowser Jpeg Png Ann Gmm<br>
               Chaco Metis Netgen MathEval Libz<br>
               Info    : Build date     : Tue Jun  2 11:23:42 IST 2009<br>
               Info    : Build host     : scram<br>
               Info    : Packager       : root<br>
               Info    : Home directory : /home/velan/<br>
               Info    : Launch date    : Tue Jun  2 11:33:18 2009<br>
               Info    : Command line   : gmsh<br>
               Info    :<br>
        -------------------------------------------------------<br>
               Info    : Reading<br>
               '/home/velan/Download/PACKAGE/gmsh-2.3.1/tutorial/t5.geo'<br>
               Hole 1 (center = {0.166,0.75,0.166}, radius = 0.09) has<br>
        number 69!<br>
               Hole 2 (center = {0.332,0.75,0.332}, radius = 0.09) has<br>
        number 99!<br>
               Hole 3 (center = {0.498,0.75,0.498}, radius = 0.09) has<br>
        number 129!<br>
               Hole 4 (center = {0.664,0.75,0.664}, radius = 0.09) has<br>
        number 159!<br>
               Hole 5 (center = {0.83,0.75,0.83}, radius = 0.09) has<br>
        number 189!<br>
               Error   : Singular value decomposition requires LAPACK<br>
               Error   : Singular value decomposition requires LAPACK<br>
               Error   : Singular value decomposition requires LAPACK<br>
               Error   : Singular value decomposition requires LAPACK<br>
               Error   : Singular value decomposition requires LAPACK<br>
               Error   : Singular value decomposition requires LAPACK<br>
               Error   : Singular value decomposition requires LAPACK<br>
               Error   : Singular value decomposition requires LAPACK<br>
               Error   : Singular value decomposition requires LAPACK<br>
<br>
<br>
               Please let me know if you have any idea about this error<br>
        message.<br>
<br>
                - Ranjith<br>
<br>
<br>
                      ------------------------------------------------------------------------<br>
<br>
               _______________________________________________<br>
               gmsh mailing list<br>
               <a href="mailto:gmsh@geuz.org" target="_blank">gmsh@geuz.org</a> <mailto:<a href="mailto:gmsh@geuz.org" target="_blank">gmsh@geuz.org</a>><br></div></div>
        <mailto:<a href="mailto:gmsh@geuz.org" target="_blank">gmsh@geuz.org</a> <mailto:<a href="mailto:gmsh@geuz.org" target="_blank">gmsh@geuz.org</a>>><div class="im"><br>
<br>
               <a href="http://www.geuz.org/mailman/listinfo/gmsh" target="_blank">http://www.geuz.org/mailman/listinfo/gmsh</a><br>
<br>
<br>
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</div></blockquote>
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