<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">
<HTML>
<HEAD>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=iso-8859-1">
<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.5.7652.24">
<TITLE>RE[5]: [Gmsh] unstable behaviour with 2nd order elements</TITLE>
</HEAD>
<BODY>
<!-- Converted from text/plain format -->

<P><FONT SIZE=2>Hi Christophe !<BR>
<BR>
Concerning 2D and 3D meshes using 2nd order elemtens,<BR>
I ran the nightly version 20081121 and everything looks OK under<BR>
OpenSuse 11 and Windows Vista Business. Now, gmsh does not abort<BR>
My following step will be to introduce these meshes in my FEM code<BR>
and then to see what happens, but I can guess that it will be ok.<BR>
<BR>
Thanks a lot for your work !<BR>
<BR>
Francisco<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
Dr. Francisco A. Gilabert Villegas<BR>
Mecánica de Medios Continuos y Modelización<BR>
<BR>
Instituto de Tecnología Cerámica<BR>
Campus Universitario Riu Sec | Avda. Vicent Sos Baynat, s/n<BR>
12006 Castellón (Spain)<BR>
Tel. 34 964 34 24 24<BR>
Fax 34 964 34 24 25<BR>
<BR>
CONFIDENCIALIDAD<BR>
La información contenida en este mensaje y/o archivo(s) adjunto(s) es confidencial/privilegiada y está destinada<BR>
a ser leída sólo por la(s) persona(s) a la(s) que va dirigida. Si usted lee este mensaje y no es el destinatario señalado,<BR>
el empleado o el agente responsable de entregar el mensaje al destinatario, o ha recibido esta comunicación por<BR>
error le informamos que está totalmente prohibida, y puede ser ilegal, cualquier divulgación, distribución o<BR>
reproducción de esta comunicación, y le rogamos que nos lo notifique inmediatamente y nos devuelva el mensaje<BR>
original al e-mail: itc@itc.uji.es. Gracias.<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
-----Mensaje original-----<BR>
De: Christophe Geuzaine [<A HREF="mailto:cgeuzaine@ulg.ac.be">mailto:cgeuzaine@ulg.ac.be</A>]<BR>
Enviado el: jue 20/11/2008 19:53<BR>
Para: Francisco Gilabert Villegas<BR>
CC: gmsh@geuz.org; Jean-François Remacle<BR>
Asunto: Re: [Gmsh] unstable behaviour with 2nd order elements<BR>
<BR>
Francisco Gilabert Villegas wrote:<BR>
><BR>
> Hi again Christophe,<BR>
><BR>
> below is the result of your indication:<BR>
><BR>
<BR>
Ok, great: I think the problem should be fixed in tomorrow's snapshot.<BR>
Could you give it a try and let us know?<BR>
<BR>
Thanks!<BR>
<BR>
Christophe<BR>
<BR>
><BR>
><BR>
> GNU gdb 6.8<BR>
> Copyright (C) 2008 Free Software Foundation, Inc.<BR>
> License GPLv3+: GNU GPL version 3 or later<BR>
> <<A HREF="http://gnu.org/licenses/gpl.html">http://gnu.org/licenses/gpl.html</A>><BR>
> This is free software: you are free to change and redistribute it.<BR>
> There is NO WARRANTY, to the extent permitted by law.  Type "show copying"<BR>
> and "show warranty" for details.<BR>
> This GDB was configured as "i586-suse-linux"...<BR>
> (gdb) r fail_2nd_order.geo -3 -order 2<BR>
> Starting program: /home/fgilabert/FEM/tmp/demo_gmsh/gmsh<BR>
> fail_2nd_order.geo -3 -order 2<BR>
> Info    : Reading 'fail_2nd_order.geo'<BR>
> Info    : Read 'fail_2nd_order.geo'<BR>
> Info    : Meshing 1D...<BR>
> Info    : Meshing curve 1 (Line)<BR>
> Info    : Meshing curve 2 (Line)<BR>
> Info    : Meshing curve 3 (Line)<BR>
> Info    : Meshing curve 4 (Line)<BR>
> Info    : Mesh 1D complete (0 s)<BR>
> Info    : Mesh<BR>
> Info    : Meshing 2D...<BR>
> Info    : Meshing surface 6 (Plane, MeshAdapt+Delaunay)<BR>
> Info    : Recombining triangles for surface 6<BR>
> Info    : Meshing surface 15 (extruded)<BR>
> Info    : Meshing surface 19 (extruded)<BR>
> Info    : Meshing surface 23 (extruded)<BR>
> Info    : Meshing surface 27 (extruded)<BR>
> Info    : Meshing surface 28 (extruded)<BR>
> Info    : Mesh 2D complete (0.036002 s)<BR>
> Info    : Mesh<BR>
> Info    : Meshing 3D...<BR>
> Info    : Meshing volume 1 (extruded)<BR>
> Info    : Mesh 3D complete (0.004 s)<BR>
> Info    : Mesh<BR>
> Info    : Generating High Order Nodes (q = 2) ...<BR>
><BR>
> Program received signal SIGSEGV, Segmentation fault.<BR>
> 0x080c6f9c in getFaceVertices (gr=0x8477be8, ele=0x8496d68,<BR>
> vf=@0xbfb0fc94, blocked=@0xbfb0fc70, faceVertices=@0xbfb0fe18,<BR>
> edgeVertices=@0xbfb0fe30,<BR>
>     linear=false, nPts=1) at HighOrder.cpp:624<BR>
> 624       for (int i = 0; i < 3; i++) tmp[(i + orientation) % 3] = vtcs[i];<BR>
> (gdb) backtrace<BR>
> #0  0x080c6f9c in getFaceVertices (gr=0x8477be8, ele=0x8496d68,<BR>
> vf=@0xbfb0fc94, blocked=@0xbfb0fc70, faceVertices=@0xbfb0fe18,<BR>
> edgeVertices=@0xbfb0fe30,<BR>
>     linear=false, nPts=1) at HighOrder.cpp:624<BR>
> #1  0x080cbef3 in setHighOrder (gr=0x8477be8, edgeVertices=@0xbfb0fe30,<BR>
> faceVertices=@0xbfb0fe18, linear=false, incomplete=false, nPts=1,<BR>
> displ2D=0x0,<BR>
>     displ3D=0x0) at HighOrder.cpp:933<BR>
> #2  0x080ce101 in SetOrderN (m=0x8466148, order=2, linear=false,<BR>
> incomplete=false) at HighOrder.cpp:1151<BR>
> #3  0x0806a7f4 in GenerateMesh (m=0x8466148, ask=3) at Generator.cpp:564<BR>
> #4  0x080ef6d8 in GModel::mesh (this=0x8466148, dimension=3) at<BR>
> GModel.cpp:332<BR>
> #5  0x0804fd09 in GmshBatch () at Gmsh.cpp:111<BR>
> #6  0x0804d371 in main (argc=Cannot access memory at address 0x0<BR>
> ) at Main.cpp:30<BR>
><BR>
><BR>
><BR>
> Thanks a lot<BR>
><BR>
> Francisco<BR>
><BR>
><BR>
><BR>
><BR>
><BR>
><BR>
><BR>
><BR>
><BR>
><BR>
><BR>
><BR>
> Dr. Francisco A. Gilabert Villegas<BR>
> Mecánica de Medios Continuos y Modelización<BR>
><BR>
> Instituto de Tecnología Cerámica<BR>
> Campus Universitario Riu Sec | Avda. Vicent Sos Baynat, s/n<BR>
> 12006 Castellón (Spain)<BR>
> Tel. 34 964 34 24 24<BR>
> Fax 34 964 34 24 25<BR>
><BR>
> CONFIDENCIALIDAD<BR>
> La información contenida en este mensaje y/o archivo(s) adjunto(s) es<BR>
> confidencial/privilegiada y está destinada<BR>
> a ser leída sólo por la(s) persona(s) a la(s) que va dirigida. Si usted<BR>
> lee este mensaje y no es el destinatario señalado,<BR>
> el empleado o el agente responsable de entregar el mensaje al<BR>
> destinatario, o ha recibido esta comunicación por<BR>
> error le informamos que está totalmente prohibida, y puede ser ilegal,<BR>
> cualquier divulgación, distribución o<BR>
> reproducción de esta comunicación, y le rogamos que nos lo notifique<BR>
> inmediatamente y nos devuelva el mensaje<BR>
> original al e-mail: itc@itc.uji.es. Gracias.<BR>
><BR>
><BR>
><BR>
> -----Mensaje original-----<BR>
> De: Geuzaine Christophe [<A HREF="mailto:cgeuzaine@ulg.ac.be">mailto:cgeuzaine@ulg.ac.be</A>]<BR>
> Enviado el: jue 20/11/2008 17:18<BR>
> Para: Francisco Gilabert Villegas<BR>
> CC: Christophe Geuzaine; Jean-François Remacle<BR>
> Asunto: Re: RE[3]: [Gmsh] unstable behaviour with 2nd order elements<BR>
><BR>
>  > Dear Christophe,<BR>
>  ><BR>
>  > Thanks for your help.<BR>
>  ><BR>
>  > I recompiled gmsh using -nogui flag. The compilation seemed to be ok.<BR>
>  ><BR>
>  > Then, I run gmsh in the following way:<BR>
>  ><BR>
>  > ./gmsh -3 -order 2 fail_2nd_order.geo<BR>
>  ><BR>
>  > And the result was:<BR>
>  ><BR>
>  > Info    : Reading 'fail_2nd_order.geo'<BR>
>  > Info    : Read 'fail_2nd_order.geo'<BR>
>  > Info    : Meshing 1D...<BR>
>  > Info    : Meshing curve 1 (Line)<BR>
>  > Info    : Meshing curve 2 (Line)<BR>
>  > Info    : Meshing curve 3 (Line)<BR>
>  > Info    : Meshing curve 4 (Line)<BR>
>  > Info    : Mesh 1D complete (0 s)<BR>
>  > Info    : Mesh<BR>
>  > Info    : Meshing 2D...<BR>
>  > Info    : Meshing surface 6 (Plane, MeshAdapt+Delaunay)<BR>
>  > Info    : Recombining triangles for surface 6<BR>
>  > Info    : Meshing surface 15 (extruded)<BR>
>  > Info    : Meshing surface 19 (extruded)<BR>
>  > Info    : Meshing surface 23 (extruded)<BR>
>  > Info    : Meshing surface 27 (extruded)<BR>
>  > Info    : Meshing surface 28 (extruded)<BR>
>  > Info    : Mesh 2D complete (0.052003 s)<BR>
>  > Info    : Mesh<BR>
>  > Info    : Meshing 3D...<BR>
>  > Info    : Meshing volume 1 (extruded)<BR>
>  > Info    : Mesh 3D complete (0.004 s)<BR>
>  > Info    : Mesh<BR>
>  > Info    : Generating High Order Nodes (q = 2) ...<BR>
>  > Violación de segmento<BR>
>  ><BR>
>  ><BR>
>  > The last sentence is saying "segmentation fault" (in spanish, sorry).<BR>
>  ><BR>
>  > Maybe it can be useful for you the result of the compilation:<BR>
>  > The attached files "recompilation_part1.txt" and<BR>
> "recompilation_part2.txt"<BR>
>  > store the out of this process.<BR>
>  ><BR>
><BR>
> The compilation looks ok...<BR>
><BR>
> Could you run the same example in the debugger with<BR>
><BR>
>  > gdb gmsh<BR>
> (gdb) r fail_2nd_order.geo -3 -order 2<BR>
><BR>
> and when it crashes type<BR>
><BR>
> (gdb) backtrace<BR>
><BR>
><BR>
><BR>
><BR>
><BR>
><BR>
><BR>
>  > If you detect that I am making something in a strange way, please<BR>
>  > tell me and I will verify.<BR>
>  ><BR>
>  ><BR>
>  ><BR>
>  > Thank you again<BR>
>  ><BR>
>  > Francisco<BR>
>  ><BR>
>  ><BR>
>  ><BR>
>  ><BR>
>  ><BR>
>  ><BR>
>  ><BR>
>  ><BR>
>  ><BR>
>  ><BR>
>  > Dr. Francisco A. Gilabert Villegas<BR>
>  > Mecánica de Medios Continuos y Modelización<BR>
>  ><BR>
>  > Instituto de Tecnología Cerámica<BR>
>  > Campus Universitario Riu Sec | Avda. Vicent Sos Baynat, s/n<BR>
>  > 12006 Castellón (Spain)<BR>
>  > Tel. 34 964 34 24 24<BR>
>  > Fax 34 964 34 24 25<BR>
>  ><BR>
>  > CONFIDENCIALIDAD<BR>
>  > La información contenida en este mensaje y/o archivo(s) adjunto(s) es<BR>
>  > confidencial/privilegiada y está destinada<BR>
>  > a ser leída sólo por la(s) persona(s) a la(s) que va dirigida. Si usted<BR>
>  > lee este mensaje y no es el destinatario señalado,<BR>
>  > el empleado o el agente responsable de entregar el mensaje al<BR>
>  > destinatario, o ha recibido esta comunicación por<BR>
>  > error le informamos que está totalmente prohibida, y puede ser ilegal,<BR>
>  > cualquier divulgación, distribución o<BR>
>  > reproducción de esta comunicación, y le rogamos que nos lo notifique<BR>
>  > inmediatamente y nos devuelva el mensaje<BR>
>  > original al e-mail: itc@itc.uji.es. Gracias.<BR>
>  ><BR>
>  ><BR>
>  ><BR>
>  > -----Mensaje original-----<BR>
>  > De: Christophe Geuzaine [<A HREF="mailto:cgeuzaine@ulg.ac.be">mailto:cgeuzaine@ulg.ac.be</A>]<BR>
>  > Enviado el: jue 20/11/2008 13:28<BR>
>  > Para: Francisco Gilabert Villegas<BR>
>  > CC: Jean-François Remacle<BR>
>  > Asunto: Re: [Gmsh] unstable behaviour with 2nd order elements<BR>
>  ><BR>
>  > Francisco Gilabert Villegas wrote:<BR>
>  >> Dear Christophe,<BR>
>  >><BR>
>  >> Thanks for your swift answer.<BR>
>  >><BR>
>  >> I checked the nightly version (20-Nov-2008 01:11) on Linux.<BR>
>  >> In 2D, everything is correct. Additionally I tested some complex<BR>
>  >> geometries and all was ok.<BR>
>  >><BR>
>  >> But in 3D, the anomalous behaviour persist. At least, this time,<BR>
>  >> at the end of the execution you can read "segmentation fault" in<BR>
>  >> the command line.<BR>
>  >><BR>
>  ><BR>
>  > Hi Francisco - Unfortunately I cannot reproduce this on our Linux box.<BR>
>  > I've run it with valgrind, which also returns no errors...<BR>
>  ><BR>
>  > Could you try to recompile the code from source? To make it easy you<BR>
>  > could build the command-line version of the code (no GUI):<BR>
>  ><BR>
>  > * download the latest source snapshot<BR>
>  ><BR>
>  > * configure it with "./configure --disable-gui"<BR>
>  ><BR>
>  > * then build with "make"<BR>
>  ><BR>
>  > The only external dependency should be the GNU scientific library (GSL).<BR>
>  > Installing the GSL should be relatively simple (select the "gsl-devel"<BR>
>  > package or something similar in your Linux distro package manager).<BR>
>  ><BR>
>  > Christophe<BR>
>  ><BR>
>  ><BR>
>  ><BR>
>  ><BR>
>  >> I used the same simple code a in the previous message, but this<BR>
>  >> time adding a simple extrusion of the square (see below):<BR>
>  >><BR>
>  >> //--------------------------------------------<BR>
>  >> mm = 0.001;<BR>
>  >> Lx = 1000*mm;<BR>
>  >> Ly = 1000*mm;<BR>
>  >> Lz = 1000*mm;<BR>
>  >> lc = 100*mm;<BR>
>  >> p1ewp; Point(p1)={-Lx/2,-Ly/2,-Lz/2,lc};<BR>
>  >> p2ewp; Point(p2)={-Lx/2,+Ly/2,-Lz/2,lc};<BR>
>  >> p3ewp; Point(p3)={+Lx/2,+Ly/2,-Lz/2,lc};<BR>
>  >> p4ewp; Point(p4)={+Lx/2,-Ly/2,-Lz/2,lc};<BR>
>  >> l1ewl; Line(l1) = {p1, p2};<BR>
>  >> l2ewl; Line(l2) = {p2, p3};<BR>
>  >> l3ewl; Line(l3) = {p3, p4};<BR>
>  >> l4ewl; Line(l4) = {p4, p1};<BR>
>  >> ll1ewll; Line Loop(ll1) = {l1, l2, l3, l4};<BR>
>  >> s1ews; Plane Surface(s1) = {ll1};<BR>
>  >> Recombine Surface{s1};<BR>
>  >><BR>
>  >> Ext1[]=Extrude {0, 0, Lz} { // NEW<BR>
>  >>  Surface{s1};               // NEW<BR>
>  >>  Layers{10,1};              // NEW<BR>
>  >>  Recombine;                 // NEW<BR>
>  >> };                          // NEW<BR>
>  >> //--------------------------------------------<BR>
>  >><BR>
>  >><BR>
>  >> Thank you very much for your help<BR>
>  >><BR>
>  >> Francisco<BR>
>  >><BR>
>  >><BR>
>  >><BR>
>  >><BR>
>  >><BR>
>  >><BR>
>  >><BR>
>  >><BR>
>  >><BR>
>  >> Dr. Francisco A. Gilabert Villegas<BR>
>  >> Mecánica de Medios Continuos y Modelización<BR>
>  >><BR>
>  >> Instituto de Tecnología Cerámica<BR>
>  >> Campus Universitario Riu Sec | Avda. Vicent Sos Baynat, s/n<BR>
>  >> 12006 Castellón (Spain)<BR>
>  >> Tel. 34 964 34 24 24<BR>
>  >> Fax 34 964 34 24 25<BR>
>  >><BR>
>  >> CONFIDENCIALIDAD<BR>
>  >> La información contenida en este mensaje y/o archivo(s) adjunto(s) es<BR>
>  >> confidencial/privilegiada y está destinada<BR>
>  >> a ser leída sólo por la(s) persona(s) a la(s) que va dirigida. Si usted<BR>
>  >> lee este mensaje y no es el destinatario señalado,<BR>
>  >> el empleado o el agente responsable de entregar el mensaje al<BR>
>  >> destinatario, o ha recibido esta comunicación por<BR>
>  >> error le informamos que está totalmente prohibida, y puede ser ilegal,<BR>
>  >> cualquier divulgación, distribución o<BR>
>  >> reproducción de esta comunicación, y le rogamos que nos lo notifique<BR>
>  >> inmediatamente y nos devuelva el mensaje<BR>
>  >> original al e-mail: itc@itc.uji.es. Gracias.<BR>
>  >><BR>
>  >><BR>
>  >><BR>
>  >><BR>
>  >><BR>
>  >> ------------------------------------------------------------------------<BR>
>  >><BR>
>  >> _______________________________________________<BR>
>  >> gmsh mailing list<BR>
>  >> gmsh@geuz.org<BR>
>  >> <A HREF="http://www.geuz.org/mailman/listinfo/gmsh">http://www.geuz.org/mailman/listinfo/gmsh</A><BR>
>  ><BR>
>  ><BR>
>  > --<BR>
>  > Prof. Christophe Geuzaine<BR>
>  > University of Liege, Electrical Engineering and Computer Science<BR>
>  > <A HREF="http://www.montefiore.ulg.ac.be/~geuzaine">http://www.montefiore.ulg.ac.be/~geuzaine</A><BR>
>  ><BR>
>  ><BR>
>  ><BR>
>  ><BR>
>  ><BR>
><BR>
><BR>
><BR>
><BR>
><BR>
> ------------------------------------------------------------------------<BR>
><BR>
> _______________________________________________<BR>
> gmsh mailing list<BR>
> gmsh@geuz.org<BR>
> <A HREF="http://www.geuz.org/mailman/listinfo/gmsh">http://www.geuz.org/mailman/listinfo/gmsh</A><BR>
<BR>
<BR>
--<BR>
Prof. Christophe Geuzaine<BR>
University of Liege, Electrical Engineering and Computer Science<BR>
<A HREF="http://www.montefiore.ulg.ac.be/~geuzaine">http://www.montefiore.ulg.ac.be/~geuzaine</A><BR>
<BR>
<BR>
</FONT>
</P>

</BODY>
</HTML>