Dear All,<br><br>I am new to this programme but i am having this problem. I repeated some examples in the user manuel of the hmd solver (<a href="http://www.lumanmagnum.net/physics/heldeneng">www.lumanmagnum.net/physics/heldeneng

</a>) and the meshing works fine but when i run the hmd solver, i am getting the following error message: ERROR: MSH file had bad format (tmpstr = (ERRO)) ERROR:Load_Mesh: gmshread The hmd user manuel, the author explains that it is possibly due to the ordering of the nodes from gmsh.

<br><br>Is there anyone who had similar problems?<br><br>Thanks for the help in advance.<br><br>James<br><br><br><br><div><span class="gmail_quote">On 10/29/07, <b class="gmail_sendername"><a href="mailto:gmsh-request@geuz.org">

gmsh-request@geuz.org</a></b> <<a href="mailto:gmsh-request@geuz.org">gmsh-request@geuz.org</a>> wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

Send gmsh mailing list submissions to<br>        <a href="mailto:gmsh@geuz.org">gmsh@geuz.org</a><br><br>To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>        <a href="http://www.geuz.org/mailman/listinfo/gmsh">

http://www.geuz.org/mailman/listinfo/gmsh</a><br>or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>        <a href="mailto:gmsh-request@geuz.org">gmsh-request@geuz.org</a><br><br>You can reach the person managing the list at

<br>        <a href="mailto:gmsh-owner@geuz.org">gmsh-owner@geuz.org</a><br><br>When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>than "Re: Contents of gmsh digest..."<br><br><br>Today's Topics:

<br><br>   1. gmsh 2.0.8 aborts or segfaults (magpar)<br><br><br>----------------------------------------------------------------------<br><br>Message: 1<br>Date: Mon, 29 Oct 2007 13:37:45 -0400<br>From: magpar <<a href="mailto:magpar@magnet.atp.tuwien.ac.at">

magpar@magnet.atp.tuwien.ac.at</a>><br>Subject: [Gmsh] gmsh 2.0.8 aborts or segfaults<br>To: <a href="mailto:gmsh@geuz.org">gmsh@geuz.org</a><br>Message-ID: <<a href="mailto:47261A69.5040104@magnet.atp.tuwien.ac.at">

47261A69.5040104@magnet.atp.tuwien.ac.at</a>><br>Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br><br>Hello Christophe,<br>Hello all gmsh users,<br><br>I am the author of "magpar" a "Parallel Finite Element Micromagnetics

Package" <a href="http://magnet.atp.tuwien.ac.at/scholz/magpar/">http://magnet.atp.tuwien.ac.at/scholz/magpar/</a> and I am trying to use gmsh to generate the geometry and finite element mesh of a nanocrystalline magnetic thin film.

<br><br>First of all, my sincere thanks to Christophe for gmsh, which is a great<br>meshing tool and very helpful for free open source finite element<br>applications like my own. Especially its parametric and scripting<br>

capabilites are very useful.<br><br>I use Qhull to generate a 2D Voronoi construction of random seed points<br>(with minimum distance between the seeds), convert the geometry<br>information (points and edges of the Voronoi cells) into a gmsh script

<br>with commands to generate the surfaces (in the x-y plane), extrude them<br>(once in positive and once in negative z direction) and generate 2<br>physical volumes for each Voronoi cell.<br><br>I have to disable AutoCoherence because otherwise gmsh renumbers the

<br>unused points and duplicate points and lines while it imports the<br>geometry, which messes up the definition of the lines in the remainder<br>of my geo script. These duplicate points and lines are generated by<br>Qhull/qvoronoi and am trying to avoid to write a script and remove them

by hand myself. At the end of my geo script I delete all points (gmsh removes only the unused points anyway), call "Coherence" to remove all duplicate geometric entities and generate a png snapshot (see attached examples).

<br><br>The procedure outlined above works very well with both mesh generators,<br>Tetgen and Netgen, up to 200 cells. When I try to generate 300 or more,<br>gmsh unexpectedly aborts or I get segmentation violations.<br><br>

Interestingly, gmsh usually throws a segmentation fault after meshing<br>the last volume with Tetgen (Mesh.Algorithm3D=1) while it fails much<br>earlier with Netgen (Mesh.Algorithm3D=4).<br><br>When I remove the commands after the last "Physical Volume" (deleting

<br>points, coherence command, printing) I get a simple "Abort" during<br>meshing of the surfaces instead of the segmentation faults.<br><br>Now my questions:<br><br>What could cause these problems? The geometries do not get more

<br>"complicated" as I increase the number of Voronoi cells, I am just<br>generating more cells (relatively simple extruded volumes). Thus, it is<br>my suspicion that the problems are caused by gmsh itself rather than the

<br>meshers (Tetgen or Netgen).<br><br>Are there any fixed size internal arrays which could cause these<br>segmentation violations due to overflow? If so I would be grateful for<br>any hints where in the gmsh code they are defined, so I can increase the

<br>array sizes.<br><br>Or are these problems indeed caused by the meshers, which might have<br>similar array overflow problems?<br><br>I am using Gmsh 2.0.8<br><br>gmsh-2.0.8-Linux.tgz<br>precompiled Linux (Intel, glibc 

2.3) binary from Gmsh website<br><br>and also a gmsh version without GUI compiled from gmsh-2.0.8-source.tgz with<br><br>gcc (GCC) 4.2.3 20071014 (prerelease) (Debian 4.2.2-3)<br><br>./configure --disable-gui<br>(including Tetgen)

<br><br>on Debian testing (lenny/sid).<br><br>Both binaries throw the same errors.<br><br><br>Any helpful comments or suggestions are greatly appreciated.<br><br><br>Thanks and kind regards,<br><br>Werner Scholz<br><br><br>

<br><br>Description of attachments and error messages:<br><br>media_o01.geo (this example works fine)<br>-------------<br>298 volumes<br><br>works with both Tetgen and Netgen:<br>Mesh.Algorithm3D=4;<br>Mesh.Algorithm3D=1;

<br><br>media_p01.geo (this example causes seg. faults)<br>-------------<br>580 volumes<br><br>Mesh.Algorithm3D=1;<br><br>gmsh media_p01.geo  -3<br><br>Info    : Meshing volume 580 (Delaunay)<br>Fatal   : Segmentation violation (invalid memory reference)

<br><br>Mesh.Algorithm3D=4;<br><br>gmsh media_p01.geo  -3<br><br>Info    : Meshing volume 59 (Netgen)<br>Fatal   : Segmentation violation (invalid memory reference)<br><br>media_p04.geo (not attached)<br>-------------<br>

deleting of points, coherence command, printing removed at the end<br><br>Mesh.Algorithm3D=1;<br><br>gmsh media_p04.geo  -3<br><br>Info    : Meshing surface 236 (Plane, MeshAdapt+Delaunay)<br>Info    : Meshing surface 237 (Plane, MeshAdapt+Delaunay)

<br>Info    : Meshing surface 1428 (Ruled surface, MeshAdapt+Delaunay)<br>Aborted<br><br>Mesh.Algorithm3D=4;<br><br>gmsh media_p04.geo  -3<br><br>Info    : Meshing surface 236 (Plane, MeshAdapt+Delaunay)<br>Info    : Meshing surface 237 (Plane, MeshAdapt+Delaunay)

<br>Info    : Meshing surface 1428 (Ruled surface, MeshAdapt+Delaunay)<br>Aborted<br><br>--<br>magpar - Parallel Finite Element Micromagnetics Package<br>WWW:    <a href="http://magnet.atp.tuwien.ac.at/scholz/magpar/">http://magnet.atp.tuwien.ac.at/scholz/magpar/

</a><br>email:  <a href="mailto:magpar@magnet.atp.tuwien.ac.at">magpar@magnet.atp.tuwien.ac.at</a><br>list:   <a href="mailto:majordomo@magnet.atp.tuwien.ac.at">majordomo@magnet.atp.tuwien.ac.at</a><br>-------------- next part --------------

<br>A non-text attachment was scrubbed...<br>Name: media_o01.geo.gz<br>Type: application/x-tar<br>Size: 19072 bytes<br>Desc: not available<br>Url : <a href="http://www.geuz.org/pipermail/gmsh/attachments/20071029/c415f2c1/attachment.gz">

http://www.geuz.org/pipermail/gmsh/attachments/20071029/c415f2c1/attachment.gz</a><br>-------------- next part --------------<br>A non-text attachment was scrubbed...<br>Name: media_p01.geo.gz<br>Type: application/x-tar<br>

Size: 34231 bytes<br>Desc: not available<br>Url : <a href="http://www.geuz.org/pipermail/gmsh/attachments/20071029/c415f2c1/attachment-0001.gz">http://www.geuz.org/pipermail/gmsh/attachments/20071029/c415f2c1/attachment-0001.gz

</a><br><br>------------------------------<br><br>_______________________________________________<br>gmsh mailing list<br><a href="mailto:gmsh@geuz.org">gmsh@geuz.org</a><br><a href="http://www.geuz.org/mailman/listinfo/gmsh">

http://www.geuz.org/mailman/listinfo/gmsh</a><br><br><br>End of gmsh Digest, Vol 57, Issue 25<br>************************************<br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>James F. Willie<br>Turmstr. 16B, App. 54

<br>Aachen D-52072<br>Germany<br>Home phone:+492411686707<br>Mobile:+4917624921240<br>Office: +492418025462